# 物种的拉丁名
Latin_name=""
# 物种的taxid
taxid=""
# 基因组序列文件
DNA=
# 整理成ensembl格式的gtf
GTF=
# cds序列或蛋白序列 （脚本里去判断是核酸还是蛋白序列；根据这个选择比对软件）
fasta=
# gi 针对原核
gi=none
url="http://"
Species=animal plant fungi prokaryotes 用于物种注释分类

[anno]
GO= 选择eggnogmap则调用软件；其他则是读取这个文件（默认为已经有的数据库；如ensembl ncbi 其他网站提供的等；需要整理成 gene_id GO:0000001；GO:0000002的形式）
KEGG 三种处理方式；如果能找到gene_id和 entryid或locustag的对应关系 则通过KEGGapi；对应K号； 否则使用kobas根据大库注释；animal plant fungi prokaryotes 
NR=  三种处理方式；ncbi的使用蛋白序列里的注释；ensembl使用Descripion;其他的根据拉丁名如果能找到taxid；则注释这个taxid对应的物种；否则注释大库animal plant fungi prokaryotes
Swissprot= 统一比对swissprot
TF= 这里面看id能否和TFlist对上；对不上则比对；顺序还是物种；大库
PPI= 和转录因子相同


gtf	NY_final.evm.add_gene.gtf
dna	NY.fa
fa	/Business/psn_company/Work/Transcriptome/Datum/Public/Database/genome/Griffonia_simplicifolia_PN20231204026_GPA2023103197/pep.fa
url	customer
specie	plant
org	plant
version	_
tf	plant
fa_type	proteins
map_db	plant

针对只有gtf和基因组序列的完善每个注释的脚本； 每个注释的步骤需要有单独的脚本处理； 然后写一个主流程去处理不同类型数据库的基因组；因为不同数据库；有的注释有已知；有的没有已知 


gene_id protein_id  locus_tag    old_locus_tag  entry_id    gene_name   GO  NR



ensembl 下载数据脚本 增加每一步请求或下载是否成功 提供下列文件中第二列的名字和版本；就可以下载对应的基因组数据
脊柱动物:https://ftp.ensembl.org/pub/release-111/species_EnsemblVertebrates.txt
植物：https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/plants/release-58/species_EnsemblPlants.txt
动物http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/metazoa/release-58/species_EnsemblMetazoa.txt
真菌http://ftp.ensemblgenomes.org/pub/fungi/release-58/species_EnsemblFungi.txt


NCBI 下载数据的脚本目前交给张佳俊写